Ông là 1 tiền vệ tấn công được biết đến với những pha chuyền bóng tinh tế và khả năng đá phạt trực tiếp khá tốt. Năm 1967, ông gia nhập câu lạc bộ Bohemians Praha, đây cũng là câu lạc bộ ông gắn bó lâu nhất.

Năm 1981, Panenka rời Bohemians chuyển sang Áo thi đấu cho Rapid Wien, ở đây ông cùng Rapid Wien giành 2 chức vô địch quốc gia Áo (Tiếng Đức: Österreichische Fußball-Bundesliga) các năm 1982 và 1983 và 3 chức vô địch cúp quốc gia Áo (tiếng Đức: Cup des Österreichischen Fußball-Bundes) các năm 1983, 1984, 1985. Năm 1985, Rapid Wien lần đầu tiên tham dự trận chung kết cúp C2 châu Âu (tiếng Anh: UEFA Cup Winner's Cup), trong trận chung kết Panenka được vào sân từ băng ghế dự bị thay cho Rudi Weinhofer ở phút 67 khi Rapid Wien đang bị Everton F.C. dẫn trước 1 - 0, kết quả chung cuộc Rapid Wien để thua 3 - 1.

Năm 1985, kết thúc mùa giải 1984 - 1985, Panenka chuyển sang chơi cho VSE St. Pölten (một đội bóng Áo khác ở thành phố St. Pölten, bang Niederösterreich) và ông thi đấu ở đây hai mùa giải trước khi chuyển sang thi đấu cho câu lạc bộ SK Slovan Wien (nay tên là SK Slovan-Hütteldorfer AC từ 1987 - 1989; từ 1989 - 1991 ông thi đấu cho ASV Hohenau (1 đội bóng Áo khác ở thị trấn Hohenau an der March thuộc bang Niederösterreich) và từ 1991 - 1993 ông thi đấu cho Kleinwiesendorf (cũng là 1 đội bóng Áo khác ở bang Niederösterreich).